En épocas anteriores a los Incas estuvo habitado por artesanos y comerciantes especializados en confeccionar artículos de cristal de roca y tejidos de lana. Habitantes de casas de bahareque y paja, que se alimentaban con carne de llamas y cuyes, maíz y chicha y fueron contumaces viajeros a sitios lejanos donde obtuvieron conchas y artículos no producidos por ellos mediante un sistema de «intercambio a larga distancia» que convirtió a Paute en un centro de control de la comunicación entre la Sierra y el Oriente.
En el siglo XVI, se inició la entrega de solares a los españoles en la localidad de Paute. En 1560, el cabildo cuencano cedió un huerta en este lugar a Gil Ramírez Dávalos, un año después 8 cuadras a Mateo Gutiérrez, en 1564 un huerta a Pedro Muñoz, en 1567 tierras a Agustín de Rocha, hasta arrebatar toda la tierra a los naturales iniciando un cambio en las relaciones entre pobladores al extremo de que en el cabildo del 18 de agosto de 1584 se advirtió sobre enfermedades y muertes de indígenas producidas por el abuso de los encomenderos.
Para 1619, cada indio pauteño estaba obligado a entregar a las autoridades: 2 pesos de 8 reales más 4 reales, 1 mata, 2 arrobas y 1 fanega de maíz, como impuesto para mantener a la población urbana de Cuenca. En esta época comenzaron a asomar los mestizos que terminaron ocupado el espacio de indios y europeos.
A mediados del siglo XIX, la población de Paute sufrió un nuevo cambio. En 1862, los hermanos Ordóñez ofrecieron al Estado ecuatoriano facilitar caballos y recursos para abrir una vía al oriente bordeando el río Paute que serviría par el tránsito de los misioneros y la extracción de cascarilla y madera, obteniendo por su oferta varias hectáreas de tierra y la posibilidad de traer peones de diversas partes del país para el trabajo en las vías y los bosques.
Con la extracción de la cascarilla, Paute vivió una etapa de auge económico, el centro urbano se pobló de forasteros que vendían sus servicios como guías, abastecedores de alimentos y acémilas a cuadrillas de cascarilleros, grupos de misioneros y a aventureros de toda laya. Durante esta etapa se iniciaron los sembríos de caña de azúcar y separándose de Gualaceo fue formado un nuevo cantón. El auge, sin embargo, fue pasajero, en 1892, Teodoro Wolf encontró en Paute una población reducida «que no ofrece cosa digna de ser apuntada». El procesamiento en laboratorios de la quinina que se extraía de la cascarilla había dado al traste con la economía local.
La crisis estuvo presente hasta mediados del siglo XX cuando las haciendas cañícolas fueron lotizadas y vendidas al mejor postor. La venta atrajo compradores de diverso origen que se asentaron en las laderas y formaron los pueblos existentes en la actualidad, cuyo distanciamiento y rivalidad puede explicarse. También por este Hecho.
Una nueva oleada de personas, muchas de las cuales se asentaron en el cantón y un nuevo, aunque igualmente efímero período de bonanza, trajo la construcción de la presa Daniel Palacios en Amaluza en década de 1960.
Los cambios periódicos en la economía y la composición de la población de Paute no se detienen, actualmente la sustitución de los sembríos de caña de azúcar por flores, influye en la economía local y atrae trabajadores de fuera del cantón, en tanto el desastre de la Josefina incrementó la solidaridad.
